我国拥有的海洋生态系统有滨海湿地生态系统、珊瑚礁生态系统、上升流生态系统和深海生态系统。1、滨海湿地生态系统：按国际湿地的定义，滨海湿地的下限为海平面以下6米处（习惯上常把下限限制在大型海藻的生长区外缘），上限为大潮线与上方内河流域连续的淡水，或半咸水湖沼泽以及海水上溯未能的入海河的河段。2、上升流生态系统：在上升流海域由特定的生物及周围的环境构成，食物链较短、​​生产力高的生态系统。3、珊瑚礁生态系统：珊瑚礁被称为海洋中的“热带”雨林”是海洋生态系统的重要组成部分。它以不到海底的千分之二的覆盖面积，为近30的海洋鱼类提供了生活的家园。4、深海生态系统：深海中缺乏阳光，静水压力大，形成黑暗、低温和高压的环境。由于无法进行光合作用，深海生态系统中没有光合作用的植物，没有植食性动物，只有碎食性和肉食性动物、异养生态和少量滤食性动物。人类已发现的深海生态系统包括：深海山生态系统、深海化能合成生态系统、深渊生态系统、海底火山生态系统和海底湖泊生态系统等。